Вокально-инструментальные произведения:
«Страсти по Иоанну», «Страсти по Матфею»
Месса си минор
Духовные кантаты (сохранилось около 200) и светские кантаты (сохранилось свыше 20)

Оркестровые произведения:
4 сюиты («увертюры»)
«Бранденбургских концертов»

Концерты для солирующих инструментов с камерным оркестром:
7 концертов для клавесина
3 концерта для двух, 2 — для трех клавесинов
2 концерта для скрипки
Концерт для двух скрипок

Произведения для смычковых инструментов:
3 сонаты и 3 партиты для скрипки соло
6 сонат для скрипки и клавесина
6 сюит («сонат») для виолончели соло

Органные произведения:
70 хоральных прелюдий
Прелюдии и фуги
Токката и фуга ре минор
Пассакалья до минор

Клавирные произведения:
Сборник «Маленькие прелюдии и фуги»
15 двухголосных инвенций и 15 трехголосных инвенций («симфоний»)
48 прелюдий и фуг «Хорошо темперированного клавира»
6 «Французских» и 6 «Английских» сюит
6 сюит (партит)
«Итальянский концерт» для клавесина соло
«Хроматическая фантазия и фуга»
«Искусство фуги»